Sandro Souza

Possui graduação em Biologia pela Universidade Federal do Paraná (1989) e doutorado em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (1993). De 1995 a 1998, foi Pew Latin American Fellow na Universidade de Harvard. Foi um dos pioneiros da genômica e da Bioinformática no Brasil. Foi membro associado do Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer de 1999 a 2012. Atualmente é Professor Titular do Instituto do Cérebro da UFRN. Eleito pelo Fórum Econômico Mundial como um Young Global Leader em 2009. Foi Tinker Visiting Professor na Universidade de Chicago em 2011.

O BioME é uma iniciativa de bioinformática criada em 2016 na UFRN, Natal - Brasil. No entanto, a história do BioME está diretamente ligada aos esforços da UFRN para recrutar líderes importantes com experiência no campo da bioinformática e treinamento de pessoal; no estabelecimento do Instituto Metrópole Digital (IMD) e seu modelo inovador, e na criação do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática.

Em 2011, o estabelecimento do Instituto do Cérebro e do IMD, motivou o recrutamento de líderes de grupos que atuam na interface do computador e das ciências da vida. Desde então, o IMD vem atuando na fronteira da pesquisa básica e da inovação, promovendo uma cultura de empreendedorismo, além de pesquisa e inovação tecnológica. Em 2012, o Prof. Sandro José de Souza, um dos pioneiros da área no Brasil e com histórico de sucesso na formação de recursos humanos em Bioinformática, foi recrutado pelo Instituto do Cérebro. Mais recentemente, outros quatro bioinformáticos foram recrutados pela UFRN. Esse grupo de recém-chegados se juntou a outros professores já estabelecidos na UFRN, que são expoentes em seus campos.

A aprovação do projeto "Cancer Systemic Biology" (BSC) sob a chamada de Biologia Computacional da CAPES (051/2013) também contribuiu para definir a bioinformática como uma prioridade dentro da UFRN. O principal objetivo da rede BSC é promover biologia computacional e biologia de sistemas no Brasil, e é coordenado pelo Prof. Sandro J. de Souza, e é formado por vinte professores / pesquisadores em equipes da UFRN, UFMG, USP e Antonio Prudente. Fundação, bem como pesquisadores estrangeiros da Universidade da Califórnia em San Diego, da Universidade de Heidelberg e da Universidade de Oslo.

No início de 2014, as discussões entre o Prof. Sandro José de Souza e o Prof. José Ivonildo do Rêgo (diretor do IMD e ex-reitor da UFRN) levaram ao estabelecimento de uma ênfase na Bioinformática no Bacharelado em Tecnologia da Informação (BTI). Em meados de 2015, após discussões internas na UFRN envolvendo professores de diversos departamentos, incluindo o Prof. José Ivonildo do Rêgo, a Profª Edna Maria da Silva (na época pró-reitora da pós-graduação) e a Profa. Ângela Cruz (reitora da UFRN), o Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFRN foi estabelecido. Como parte do Instituto Metrópole Digital, o programa possui as seguintes linhas de pesquisa: Genômica; Biologia de Sistemas; e Desenvolvimento de produtos e processos. Seus cursos de mestrado e doutorado iniciaram suas atividades em 2016 com um escore CAPES de 5 (máximo de 7).

Finalmente, em 2016, o Ambiente Multidisciplinar de Bioinformática (BioME) foi criado com a missão de promover a bioinformática no cenário regional e nacional, atuando em quatro níveis diferentes.

(1) No nível de ensino, os professores / pesquisadores da BioME trabalham nos níveis de graduação e pós-graduação com o objetivo de construir recursos humanos altamente qualificados em bioinformática, tanto para o campo acadêmico quanto para os setores produtivos / industriais.

(2) No nível de pesquisa, grupos multidisciplinares envolvidos com BioMe produzem ciência de ponta em bioinformática aplicada a várias áreas, tais como: biologia do câncer, modelagem de sistemas, biologia de sistemas, genômica, proteômica, evolução molecular, bioinformática estrutural, etc.

(3) No setor de serviços, um centro técnico multiusuário fornece serviços de bioinformática e análise de dados para empresas acadêmicas e de biotecnologia.

(4) No programa corporativo, buscando fomentar a interação produtiva com o setor de biotecnologia e estendendo à sociedade o conhecimento produzido na universidade.


Publicações


  • Machado KCT, Fortuin S, Tomazella GG, Fonseca AS, Warren RM, Souza SJ, et al. On the impact of the pangenome and annotation discrepancies while building protein sequence databases for bacteria proteogenomics. Front. Microbiol. 2019;10:1410.
    Texto Completo

  • Vieira IA, Recamonde-Mendoza M, Silva VL, Leão DP, Scheid MR, Souza SJ, et al. A comprehensive analysis of core polyadenylation sequences and regulation by microRNAs in a set of cancer predisposition genes. Gene. 2019:143943.
    Texto Completo

  • Silva VL, Santos AMR, Blanco W, Souza SJ. Gain of transcription factor binding sites is associated to changes in the expression signature of human brain and testis and is correlated to genes with higher expression breadth. Sci. China Life Sci. 2019;62:526.
    Texto Completo

  • Putnam, C. D. et al. A genetic network that suppresses genome rearrangements in Saccharomyces cerevisiae and contains defects in cancers. Nat. Commun. 7:11256 doi: 10.1038/ncomms11256 (2016).
    Texto Completo

  • Stransky, Beatriz ; de Souza, Sandro J. . Modeling tumor evolutionary dynamics. Frontiers in Physiology, v. 3, p. 480, 2013.
    Texto Completo

  • SCHRIDER, DANIEL R. ; NAVARRO, FABIO C. P. ; Galante, Pedro A. F. ; Parmigiani, Raphael B. ; CAMARGO, ANAMARIA A. ; HAHN, MATTHEW W. ; de Souza, Sandro J. . Gene Copy-Number Polymorphism Caused by Retrotransposition in Humans. PLOS Genetics (Online), v. 9, p. e1003242, 2013.
    Texto Completo

  • de Souza, J. E. ; Galante, P A ; VALIERIS, R. ; da Cunha, J. P. C. ; Ohno-Machado, L. ; Old, L. J. ; de Souza, Sandro J. . SurfaceomeDB: a cancer-orientated database for genes encoding cell curface proteins. Cancer Immunity, v. 12, p. 15, 2012.
    Texto Completo

  • KROLL, JOSÉ EDUARDO ; Galante, Pedro A.F. ; OHARA, DANIEL T. ; NAVARRO, FABIO C.P. ; OHNO-MACHADO, LUCILA ; de Souza, Sandro J. . SPLOOCE: A new portal for the analysis of human splicing variants. RNA Biology, v. 9, p. 1339-1343, 2012.
    Texto Completo

  • de Souza, Sandro J. . Domain shuffling and the increasing complexity of biological networks. BioEssays (Cambridge), v. 34, p. 655-657, 2012.
    Texto Completo

  • FRANÇA, GUSTAVO S. ; CANCHERINI, DOUGLAS V. ; Souza, Sandro J. . Evolutionary history of exon shuffling. Genetica (Dordrecht. Online), v. 140, p. 249-257, 2012.
    Texto Completo

  • de Souza, J. E. S. ; RAMALHO, R. F. ; Galante, P. A. F. ; MEYER, D. ; de Souza, S. J. . Alternative splicing and genetic diversity: silencers are more frequently modified by SNVs associated with alternative exon/intron borders. Nucleic Acids Research, v. 39, p. 4942-4948, 2011.
    Texto Completo

  • Maschietto, M ; Trapé, A P ; Piccoli, F S ; Ricca, T I ; Dias, A A M ; Coudry, R A ; Galante, P A ; Torres, C ; Fahhan, L ; Lourenço, S ; Grundy, P E ; de Camargo, B ; de Souza, S ; Neves, E J ; Soares, F A ; Brentani, H ; Carraro, D M . Temporal blastemal cell gene expression analysis in the kidney reveals new Wnt and related signaling pathway genes to be essential for Wilms' tumor onset. CELL DEATH DIS, v. 2, p. e224, 2011.
    Texto Completo

  • ZHAO, Q. ; CABALLERO, O. L. D. ; GALANTE, Pedro Alexandre Favoretto ; PARMIGIANI, Raphael Bessa ; EDSHALL, L. ; KUAN, S. ; LEVY S. ; YE, Z. ; Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ; REN BING ; de Souza, Sandro J ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; SIMPSON, Andrew J G ; STRAUSBERG, Robert L . Systematic detection of putative tumor suppressor genes throuh the combined use of exome and transcriptome sequencing. GenomeBiology.com (London. Print), v. 11, p. R114, 2011.
    Texto Completo

  • Daniel O Vidal ; SOUZA, Jorge Estefano Santana de ; PIRES, Lilian C ; MASOTTI, C. ; SALIM, A. C. M. ; COSTA, Maria C R ;GALANTE, Pedro Alexandre F ; de Souza SJ ; CAMARGO, Anamaria Aranha . Analysis of allelic differential expression in the human genome using allele-specific serial analysis of gene expression tags. Genome (Ottawa. Print), v. 54, p. 120-127, 2011.
    Texto Completo

  • Galante, P. A. F. PARMIGIANI, R. B. ZHAO, Q. CABALLERO, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. SALIM, A. C. M. Silva, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. YE, Z. KUAN, S. Pinheiro, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. de Sousa, R. G. M. A. Oliveira, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. KIRKNESS, E. F. LEVY, S. da Silva, W. A. , et al. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research, v. 39, p. 6056-6068, 2011.
    Texto Completo

  • CERUTTI, J. M. ; Oler, G. ; Delcelo, R. ; Gerardt, R. ; Michaluart, P. ; de Souza, S. J. ; Galante, P. A. F. ; Huang, P. ; Riggins, G. J. . PVALB, a New Hurthle Adenoma Diagnostic Marker Identified through Gene Expression. The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, v. 96, p. E151-E160, 2011.
    Texto Completo

  • FERREIRA, Elisa Napolitano e ; Rangel, M.C. ; Galante, P. A. F. ; MOLINA, G. C. ; de Souza, J. E. ; de Souza, S. J. ; CARRARO, Dirce M . Alternative splicing enriched cDNA libraries to identify breast cancer associated transcripts. BMC Genomics, v. 11, p. S4, 2010.
    Texto Completo

  • Zhao, Qi ; Kirkness, Ewen F ; CABALLERO, Otavia L ; Galante, Pedro A ; Parmigiani, Raphael B ; Edsall, Lee ; Kuan, Samantha ; Ye, Zhen ; Levy, Samuel ; Vasconcelos, Ana Tereza R ; Ren, Bing ; de Souza, Sandro J ; CAMARGO, Anamaria A ; Simpson, Andrew JG ; STRAUSBERG, Robert L . Systematic detection of putative tumor suppressor genes through the combined use of exome and transcriptome sequencing. GenomeBiology.com (London. Print), v. 11, p. R114, 2010.
    Texto Completo

  • Cancherini, Douglas V ; França, Gustavo S ; de Souza, Sandro J . The role of exon shuffling in shaping protein-protein interaction networks. BMC Genomics, v. 11, p. S11, 2010.
    Texto Completo

  • da Cunha, J. P. C. ; Galante, P. A. F. ; de Souza, J. E. ; de Souza, R. F. ; Carvalho, P. M. ; Ohara, D. T. ; Moura, R. P. ; Oba-Shinja, S. M. ; Marie, S. K. N. ; Silva, W. A. ; Perez, R. O. ; Stransky, B. ; Pieprzyk, M. ; Moore, J. ; Caballero, O. ; Gama-Rodrigues, J. ; Habr-Gama, A. ; Kuo, W. P. ; Simpson, A. J. ; Camargo, A. A. ; Old, L. J. ; de Souza SJ . Bioinformatics construction of the human cell surfaceome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,
    Texto Completo

  • de Souza, Sandro J ; Stransky, Beatriz ; CAMARGO, Anamaria A . Insights into gliomagenesis: systems biology unravels key pathways. Genome Medicine, v. 1, p. 101, 2009.
    Texto Completo

  • BETTONI, Fabiana ; Filho, Fernando Camargo ; Grosso, Daniela M. ; Galante, Pedro A.F. ; Parmigiani, Raphael B. ; Geraldo, Murilo V. ; Henrique-Silva, Flávio ; Oba-Shinjo, Sueli M. ; Marie, Suely K.N. ; Soares, Fernando A. ; BRENTANI, Helena Paula ; SIMPSON, A. J. G. ; de Souza SJ ; Camargo, A. A. . Identification of FAM46D as a novel cancer/testis antigen using EST data and serological analysis?. Genomics (San Diego), v. 94, p. 153-160, 2009.
    Texto Completo

  • Galante, Pedro A. F. ; Sandhu, Devraj ; de Sousa Abreu, Raquel ; Gradassi, Michael ; Slager, Natanja ; Vogel, Christine ; Jose de Souza, Sandro ; Penalva, Luiz O.F. . A comprehensive in silico expression analysis of RNA binding proteins in normal and tumor tissue; identification of potential players in tumor formation. RNA Biology, v. 6, p. 426-433, 2009.
    Texto Completo

  • PINHEIRO, Daniel G ; Galante, Pedro AF ; de Souza, Sandro J ; ZAGO, Marco A ; Silva, Wilson A . A score system for quality evaluation of RNA sequence tags: an improvement for gene expression profiling. BMC Bioinformatics, v. 10, p. 170, 2009.
    Texto Completo

  • de Souza SJ . Exploiting EST in human health. Methods in Molecular Biology (Clifton), v. 533, p. 311-324, 2009.
    Texto Completo

  • ZHAO, Q. ; CABALLERO, O. L. ; LEVY, S. ; STEVENSON, Brian J ; ISELI, C. ; de Souza SJ ; GALANTE, Pedro A F ; BUSAM, D. ; LEVERSHA, M. ; CHADALAVADA, K. ; ROGERS, Y. ; VENTER, J. ; SIMPSON, A. J. G. ; STRAUSBERG, Robert L . Transcriptome-guided characterization of genomic rearrangements in a breast cancer cell line. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 106, p. 1886-1891, 2009.
    Texto Completo

  • SOUZA, Robson Francisco de ; Anatharaman, V. ; de Souza SJ ; Aravind, L. ; GUEIROS FILHO, Frederico José . AMIN domains have a predicted role in localization of diverse periplasmic protein complexes. Bioinformatics (Oxford), v. 24, p. 2423-2426, 2008.
    Texto Completo

  • FERREIRA, Elisa Napolitano e ; Rangel, M.C. ; Pineba, P.B. ; Daniel O Vidal ; CAMARGO, Anamaria A ; de Souza SJ ; CARRARO, Dirce M. Heteroduplex formation and S1 digestion for mapping alternative splicing sites. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 958-969, 2008.
    Texto Completo

  • da Cunha, J ; GALANTE, Pedro A F ; de Souza SJ . Different evolutionary strategies for the origin of caspase-1 inhibitors. Journal of Molecular Evolution, v. 66, p. 591-597, 2008.
    Texto Completo

  • SUGANO, Sumio ; FUJII, Yasuyuki ; TANINO, Motohiko ; KOYANAGI, Kanako O ; HANAOKA, Hideki ; KANEKO, Yayoi ; de Souza SJ ; NAGATA, Naoki ; SAKAI, Hiroaki ; SHIBA, Rie ; SUZUKI, Mami ; TAKAHASHI, Aiko ; IMANISHI, T ; GOJOBORI, Takashi . The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts.. Nucleic Acids Research, v. 36, p. D793-D799, 2008.
    Texto Completo

  • GALANTE, Pedro Alexandre Favoretto ; TRIMARCH, J. ; Constance L Cepko ; de Souza SJ ; Lucila Ohno Machado ; Winston P Kuo . Automatic correspondence of tags and genes (ACTG): a tool for the analysis of SAGE, MPSS and SBS data.. Bioinformatics (Oxford), v. 23, p. 903-905, 2007.
    Texto Completo

  • MAIA, Rafaela M ; VALENTE, Valeria ; CUNHA, Marco A V ; Joseane F Souza ; ARAUJO, Daniela D ; SILVA JR, Wilson A ;ZAGO, M. A. ; DIAS NETO, Emmanuel ; de Souza SJ ; SIMPSON, Andrew Jonh George ; MONESI, Nadia ; Ricardo GP Ramos ; ESPREAFICO, Enilza M ; LARSON, M. L. P. . Identification of unannotated exons of low abundance transcripts in Drosophila melanogaster and cloning of a new serine protease gene upregulated upon injury.. BMC Genomics, v. 8, p. 1-9, 2007.
    Texto Completo

  • FERREIRA, B. S. ; BARRERA, Junior ; Lucila Ohno Machado ; de Souza SJ . Modeling cancer: integration of. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, v. 5, p. 977-986, 2007.
    Texto Completo

  • FERREIRA, Elisa Napolitano e ; GALANTE, Pedro Alexandre Favoretto ; CARRARO, Dirce Maria ; de Souza SJ . Alternative splicing: a bioinformatics perspective.. Molecular Biosystems, v. 3, p. 473-477, 2007.
    Texto Completo

  • GALANTE, Pedro Alexandre Favoretto ; Daniel O Vidal ; SOUZA, Jorge Estefano Santana de ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; de Souza SJ . Sense-antisense pairs in mammals: functional and evolutionary considerations.. Genome Biology, v. 8, p. R40, 2007. 
    Texto Completo

  • SAKABE, Noboru Jô ; de Souza SJ . Sequence features responsible for intron retention in human.. BMC Genomics, v. 8, p. 1-14, 2007.
    Texto Completo

  • PARMIGIANI, Raphael Bessa ; BETTONI, Fabiana ; VIBRANOVSKI, Maria Dulcetti ; Marilene H Lopes ; MARTINS, Waleska K ; Isabela W Cunha ; SIMPSON, Andrew John George ; de Souza SJ ; CAMARGO, Anamaria Aranha. Characterization of a cancer/testis (CT) antigen gene family capable of eliciting humoral response in cancer patients.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 28, p. 18066-18071, 2006. 
    Texto Completo

  • VIBRANOVSKI, Maria Dulcetti ; SAKABE, Noboru Jô ; de Souza SJ . A possible role of exon-shuffling in the evolution of signal peptides of human proteins.. FEBS Letters, v. 580, p. 1621-1624, 2006.
    Texto Completo

  • TANINO, Motohiko ; DEBILY, Marie Anne ; TAMURA, Takuro ; HISHIKI, Teruyoshi ; OGASAWARA, Osamu ; MURAKAWA, Katsuji ; KAWAMOTO, Shoko ; ITOH, Kouichi ; WATANABE, Shinya ; de Souza SJ ; IMBEAUD, Sandrine ; GRAUDENS, Esther ; EVENO, Eric ; HILTON, Phillip ; SUDO, Yukio ; KELSO, Janet ; IKEO, Kazuho ; IMANISHI, Tadashi ; GOJOBORI, Takashi ; AUFFRAY, Charles ; HIDE, Winston ; OKUBO, Kousaku . The Human Anatomic Gene Expression Library (H-ANGEL), the H-Inv Integrative Display of Human Gene Expression across Disparate Technologies and Platforms.. Nucleic Acids Research, v. 33, p. D567-D572, 2005.
    Texto Completo

  • BRENTANI, Ricardo Renzo ; CARRARO, Dirce Maria ; ALMEIDA, Sérgio Verjovski ; REIS, Eduardo M ; NEVES, e Jordão ; de Souza SJ ; CARVALHO, Alex Fiorini ; BRENTANI, Helena Paula ; REIS, Luiz Fernando Lima . Gene expression arrays in Cancer Research: Methods and Applications.. Critical Reviews in Oncology/Hematology, v. 54, p. 95-105, 2005.
    Texto Completo

  • SAKHARKAR, Meena K ; KANGUEANE, Pandjassarame ; WOO, Tong W ; TAN, Tin W ; KOLATKAR, Prasanna R ; LONG, Manyuan ; de Souza SJ . ExInt - An Exon Intron database.. Encyclopediaof Medical Genomics Proteomics Emgp Marcel Dekker, v. 16, n. 12 2000, p. 1151-1152, 2005.
    Texto Completo

  • VIBRANOVSKI, Maria Dulcetti ; SAKABE, Noboru Jô ; SOARES, Rodrigo ; de Souza SJ . Signs of ancient and modern exon shuffling are correlated to the distribution of ancient and modern domains along proteins.. Journal of Molecular Evolution, v. 60, p. 1-10, 2005.
    Texto Completo

  • MARTINS, Vilma Regina ; BRENTANI, Ricardo Renzo ; de Souza SJ . Chasing the elusive cellular prion receptor.. Protein Discovery, 2005.
    Texto Completo

  • BRENTANI, Ricardo Renzo ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; BRENTANI, Helena Paula ; de Souza SJ . The FAPESP/LICR Human Cancer Genome Project: perspectives on integration.. Cancer Bioinformatics, 2005.
    Texto Completo

  • SLAGER, Natanja Sara Kirschbaum ; PARMIGIANI, Raphael Bessa ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; de Souza SJ . Identification of human exons over-expressed in tumors through the use of genome and expressed sequence data.. Physiological Genomics, v. 21, p. 423-432, 2005.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; GALANTE, Pedro Alexandre F ; SOARES, Rodrigo . Using ORESTES ESTs to mine gene cancer expression data. In: Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Bioinformatics.. John Wiley And Sons Ltd, 2005.
    Texto Completo

  • LOPES, Graziela Miê Peres ; de Souza SJ . Dissecting the Human Spliceosome Through Bioinformatics and Proteomics Approaches. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, v. 1, n. 4, p. 743-750, 2004.
    Texto Completo

  • SAKABE, Noboru Jô ; VIBRANOVSKI, Maria Dulcetti ; de Souza SJ . A bioinformatics analysis of alternative exon usage in human genes coding for extracellular matrix proteins.. Genetics and Molecular Research, v. 3, n. 4, p. 532-544, 2004.
    Texto Completo

  • GALANTE, Pedro Alexandre Favoretto ; SAKABE, Noboru Jô ; SALGER, Natanja Sara Kirschbaum ; de Souza SJ . Detection and evaluation of intron retention events in the human transcriptome. RNA. Ribonucleic Acid, v. 10, p. 757-765, 2004.
    Texto Completo

  • SILVA, Ana Paula M ; SOUZA, Jorge e S de ; GALANTE, Pedro A F ; RIGGINS, Gregory ; de Souza SJ ; CAMARGO, Anamaria A . The impact of SNPs on the interpretation of SAGE and MPSS experimental data.. Nucleic Acids Research, v. 32, n. 20, p. 6104-6110, 2004.
    Texto Completo

  • IMANISHI, Tadashi ITOH, Takeshi SUZUKI, Yutaka DONOVAN, Claire O FUKUCHI, Satoshi KOYANAGI, Kanako O BARRERO, Roberto A TAMURA, Takuro KABATA, Yumi Yamaguchi TANINO, Motohiko YURA, Kei MIYAZAKI, Satoru IKEO, Kazuho HOMMA, Keiichi KASPRZYK, Arek NISHIKAWA, Tetsuo HIRAKAWA, Mika MIEG, Jean Thierry MIEG, Danielle Thierry ASHURST, Jennifer JIA, Linbin NAKAO, Mitsuteru THOMAS, Michael A MULDER, Nicola KARAVIDOPOULOU, Youla , et al. ; Integrative Annotation of 21,037 Human Genes Validated by Full-Length cDNA Clones.. PLoS Biology, v. 2, p. 856-875, 2004.
    Texto Completo

  • SOGAYAR, Mari Cleide ; CAMARGO, Anamaria A ; de Souza SJ . A transcript finishing initiative for closing gaps in the human transcriptome.. Genome Research, v. 14, p. 1413-1423, 2004.
    Texto Completo

  • NUNES, Francis M F VALENTE, Valeria SOUSA, Josane F CUNHA, Marco A V PINHEIRO, Daniel G MAIA, Rafaela M ARAUJO, Daniela D COSTA, Maria C R MARTINS, Waleska K CARVALHO, Alex F MONESI, Nadia NASCIMENTO, Adriana M PEIXOTO, Pablo M V SILVA, Maria F R RAMOS, Ricardo G P REIS, Luis Fernando Lima DIAS NETO, Emmanuel de Souza SJ SIMPSON, Andrew J G ZAGO, Marco Antonio SOARES, Ademilson e e BITONDI, Marcia M G ESPREAFICO, Enilza M ESPINDOLA, Foued LARSON, Maria L Paco , et al. ; The use of Open Reading Frame ESTs (ORESTES) for analysis of the honeybee transcriptome.. BMC Genomics, v. 5, p. 84-96, 2004.
    Texto Completo

  • FERREIRA, Elisa Napolitano e PIRES, Lilian C PARMIGIANI, Raphael Bessa BETTONI, Fabiana PUGA, Renato D PINHEIRO, Daniel G ANDRADE, Luís Eduardo C CRUZ, Luciana O DEGAKI, Theri L FARIA JR, Milton FESTA, Fernanda GIANELLA NETO, Daniel GIORGI, Ricardo R GOLDMAN, Gustavo H GRANJA, Fabiana GRUBER, Artur HACKEL, Christine SILVA, Flávio Henrique MALNIC, Bettina MANZINI, Carina V B MARIE, Suely K N ROSSI, Nilce M Martinez SHINJO, Sueli M Oba PARDINI, Maria Ines M C RAHAL, Paula , et al. ; Identification and characterization of new human genes through the use of mouse orthologs and testis cDNA sequences.. Genetics and Molecular Research, v. 3, n.4, p. 493-511, 2004.
    Texto Completo

  • SLAGER, Natanja S Kirschbaum ; LOPES, Graziela M P ; GALANTE, Pedro A F ; RIGGINS, Gregory ; de Souza SJ . Splicing factors are differentially expressed in tumors. . Genetics and Molecular Research, v. 3, n. 4, p. 512-520, 2004.
    Texto Completo

  • BRENTANI, Helena Paula ; CABALLERO, Otavia L ; CAMARGO, Anamaria A ; SILVA, Aline M da ; SILVA JR, Wilson Araujo da ; DIAS NETO, Emmanuel ; GRIVET, Marco ; GRUBER, Arthur ; GUIMARAES, Pedro Edson Moreira ; HIDE, Winston ; ISELI, Chistian ; JONGENEEL, C Victor ; KELSO, Janete ; NAGAI, Maria Aparecida ; OJOPI, Elida Paula Benquique ; OSORIO, Elisson C ; REIS, Eduardo M R ; RIGGINS, Gregory J ; SIMPSON, Andrew J G ; de Souza SJ ; STEVENSON, Brian J ; STRAUSBERG, Robert L ; TAJARA, Eloiza H ; ALMEIDA, Sergio Verjovski . The generation and utilization of a cancer oriented representation of the human transcriptome using expressed sequence tags.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, USA, v. 100, n.23, p. 13418-13423, 2003.
    Texto Completo

  • OSORIO, E. C. ; SOUZA, Jorge Estefano Santana de ; ZAIATS, A. C. ; OLIVEIRA, P. S. L. ; de Souza SJ . pp-Blast: a pseudo-parallel Blast.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 36, p. 463-464, 2003.
    Texto Completo

  • de Souza SJ . The emergence of a synthetic theory of intron evolution.. Genetica (The Hague), USA, v. 118, p. 117-121, 2003.
    Texto Completo

  • SILVA, Ana Paula M ; SALIM, A. C. M. ; BULCARELLI, A. ; SOUZA, J. E. S. ; OSÓRIO, Elisson Campos ; CABALLERO, O. L. D. ; ISELI, C. ; STEVENSON, Brian J ; JONGENEEL, C Victor ; de Souza SJ ; SIMPSON, Andrew J G ; CAMARGO, Anamaria A . Identification of 9 novel transcripts and two RGSL gene within the hereditary prostate cancer region (HPC1) at 1q25. Gene (Amsterdam), v. 310, p. 49-57, 2003.
    Texto Completo

  • SAKABE, Noboru Jô ; SOUZA, Jorge Estefano Santana de ; GALANTE, Pedro Alexandre Favoretto ; OLIVEIRA, Paulo Sérgio L de ; PASSETTI, Fábio ; BRENTANI, Helena Paula ; OSÓRIO, Elisson Campos ; ZAIATS, André Celso ; LEERKES, Maarten Rudolph ; KITAJIMA, João Paulo ; BRENTANI, Ricardo Renzo ; STRAUSBERG, Roberto L ; SIMPSON, Andrew John George ; de Souza SJ . ORESTES are enriched in rare exon usage variants affecting the encoded proteins. Comptes Rendus. Biologies, v. 326, p. 979-985, 2003.
    Texto Completo

  • ISELI, C. ; STEVENSON, Brian J ; de Souza SJ ; SAMAIA, H. B. ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; BUETOW, K. H. ; STRAUSBERG, Robert L ; SIMPSON, A. J. G. ; BUCHER, P. ; JONGENEEL, C Victor . Long-Range Heterogeneity at the 3´ Ends of Human mRNAs. . Genome Research, USA, v. 12, p. 1068-1074, 2002.
    Texto Completo

  • SAKHARKAR, Meena K ; PASSETTI, Fábio ; SOUZA, Jorge Estefano Santana de ; LONG, Manyuan ; de Souza SJ . ExInt: an Exon intron Database.. Nucleic Acids Research, Estados Unidos, v. 30, n. 1, p. 191-194, 2002.
    Texto Completo

  • BOOM, K. ; OSORIO, E. C. ; GREENHUT, S. F. ; SCHAEFER, C. F. ; SHOEMAKER, J. ; POLYAK, K. ; MORIN, P. J. ; BUETOW, K. H. ; STRAUSBERG, Robert L ; de Souza SJ ; RIGGINS, Gregory J . An anatomy of normal and malignant gene expression.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, USA, v. 99, n. 17, p. 11287-11292, 2002.
    Texto Completo

  • CAMARGO, Anamaria Aranha ; de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo ; SIMPSON, Andrew John George . Human gene discovery through experimental definition of transcribed regions of the human genome.. Current Opinion in Chemical Biology, Estados Unidos, v. 6, p. 13-16, 2002.
    Texto Completo

  • LEERKES, Maarten Rudolph ; CABALLERO, O. L. ; MACKAY, A. ; TORLONI, H. ; HARE, M. J. O. ; SIMPSON, Andrew Jonh George ; de Souza SJ . In Silico Comparison of the Ttranscriptome Derived from Purified Normal Breast Cells and Breast Tumor Cell Lines Reveals Candidate Upreguated Genes in Breast Tumor Cells.. Genomics (San Diego), Estados Unidos, v. 79, n. 2, p. 257-265, 2002.
    Texto Completo

  • ENDO, Toshinori ; FEDOROV, A. ; de Souza SJ ; GILBERT, W. . Do introns favor or avoid regions of amino acid conservation?. Mol Biol Evol, Estados Unidos, v. 19, p. 521-522, 2002.
    Texto Completo

  • STRAUSBERG, Robert L ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; RIGGINS, Gregory ; SCHAEFER, C F ; de Souza SJ ; GROUSE, L H ; LAL, A ; BUETOW, K. H. ; BOOM, K. ; GREENHUT, S F ; SIMPSON, A. J. G. . An international database and integrated analysis tools for the study of cancer gene expression.. Pharmacogenomics, USA, v. 2, p. 156-164, 2002.
    Texto Completo

  • REYMOND, A. ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; DEUTSCH, S. ; STEVENSON, Brian J ; PARMIGIANI, Raphael Bessa ; UCLA, C. ;BETTONI, Fabiana ; ROSSIER, C. ; LYLE, R. ; GUIPPONI, M. ; de Souza SJ ; ISELI, C. ; JONGENEEL, C Victor ; BUCHER, P. ; SIMPSON, A. J. G. ; ANTONARAKIS, S. E. . Nineteen Additional Unpredicted Transcripts from Human Chromosome 21.. Genomics (San Diego), USA, v. 79, n. 6, p. 824-832, 2002.
    Texto Completo

  • FEDOROV, A. ; CAO, X. ; SAXONOV, S. ; de Souza SJ ; ROY, S. W. ; GILBERT, W. . Intron distribution difference for 276 ancient and 131 modern genes suggests the existence of ancient introns.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 98, n. 23, p. 13177-13182, 2001.
    Texto Completo

  • CAMARGO, Anamaria A SAMAIA, H. P. B. DIAS NETO, Emmanuel SIMÃO, D. F. MIGOTTO, I. A. BRIONES, M. R. S. COSTA, F. F. NAGAI, Maria Aparecida ALMEIDA, Sérgio Verjovski ZAGO, M. A. ANDRADE, L. E. C. CARRER, H. DORRY, H. F. A. E. ESPREÁFICO, E. M. GAMA, A. H. GIANELLA NETO, Daniel GOLDMAN, Gustavo H GRUBER, Arthur RACKEL, C. KIMURA, E. T. MACIEL, R. M. B. MARIE, Suely K N MARTINS, E. A. L. NOBREGA, M. P. LARSON, M. L. P. , et al. ; The Contribution of 700,000 ORF Sequence tags to the definition of the human transcriptome. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 98, p. 12103-12108, 2001.
    Texto Completo

  • SAKARKHAR, M. K. ; TAN, T. W. ; de Souza SJ . Geration of a database cotainning discordant intron positions in euKaryotic gene (MIDB). Bioinformatics, Estados Unidos, v. 17, p. 671-675, 2001.
    Texto Completo

  • CORREA, R. G. ; SASAHARA, R M ; BENGSTON, M. H. ; KATAYAMA, M L H ; SALIM, A. C. M. ; BRENTANI, M. M. ; SOGAYAR, Mari C ; de Souza SJ ; SIMPSON, Andrew John George . Human Semaphorin 6B [(HSA) SEMAB], A Novel Human Class 6 Semaphorin Gene: Alternative Splicing and All-Trans-Retinoic Acid-Dependent Downregulation in Glioblastoma Cell Lines. Genomics (San Diego), Estados Unidos, v. 73, p. 343-348, 2001.
    Texto Completo

  • SIMPSON, Andrew John George ; de Souza SJ ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Definition of the gene content of the human genome: the need for deep experimental verification. . Comparative And Funcional Genomics, Estados Unidos, v. 2, p. 169-175, 2001.
    Texto Completo

  • CABALLERO, O. L. ; de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo ; SIMPSON, Andrew John George . Alternative spliced transcriptas cancer markers.. Disease Markers, Estados Unidos, v. 17, p. 67-75, 2001.
    Texto Completo

  • de Souza SJ; de Souza SJ CAMARGO, Anamaria A BRIONES, M. R. S. COSTA, F. F. NAGAI, Maria Aparecida ALMEIDA, S. V. ZAGO, M. A. ANDRADE, L. E. C. CARRER, H. DORRY, H. F. A. E. ESPREAFICO, Enilza M GAMA, A. H. GIANELLA NETO, Daniel GOLDMAN, Gustavo H GRUBER, Arthur HACKEL, Christine KIMURA, E. T. MACIEL, R. M. B. MERIE, S. K. N. MARTINS, E. A. L. NOBREGA, M. P. LARSON, M. L. P. PARDINI, Maria Ines M C PEREIRA, G. G. PESQUERO, J. B. , et al. ; Identification of human chromosome 22 trascribed sequences with ORF expressed sequence tags.. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 97, p. 12690-12693, 2000.
    Texto Completo

  • SAKHARKAR, M. ; LONG, Manyuan ; TAN, T. W. ; de Souza SJ . ExInt: an Exon/Intron database.. Nucleic Acids Research, Estados Unidos, v. 28, p. 191-192, 2000.
    Texto Completo

  • DIAS NETO, E. ; CORREA, R. G. ; ALMEIDA, Sérgio Verjovski ; BRIONES, M. R. S. ; NAGAI, Maria Aparecida ; SILVA JUNIOR, W. ; ZAGO, M. A. ; BORDIM, S. ; COSTA, F. F. ; GOLDMAN, G. H. ; CARVLAHO, A. F. ; MATSUKUMA, A. ; BAIA, G. S. ; SIMPSON, D. H. ; BRUNSTEIN, A. ; OLIVEIRA, P. S. L. ; BUCHER, P. ; JONGENELL, C. V. ; HARE, M. J. O. ; SOARES, F. ; BRENTANI, Ricardo Renzo ; REIS, Luiz Fernando Lima ; de Souza SJ ; SIMPSON, A. J. G. . Shotgun sequencing of the human transcriptome with Open ORF expressed sequence tags.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 97, p. 3491-3496, 2000.
    Texto Completo

  • CORREA, R. G. ; CARVALHO, Alex F ; PINHEIRO, N. A. ; SIMPSON, Andrew Jonh George ; de Souza SJ . NABC1 (BCAS1): Alternative Splicing and Downregulation in Colorectal Tumors.. Genomics (San Diego), Estados Unidos, v. 65, p. 299-302, 2000.
    Texto Completo

  • SAKHARKAR, M. ; LONG, Manyuan ; TAN, T W ; de Souza SJ . IEKb- An Exon intron Knowledge base from database.. Bioinformatics, Estados Unidos, v. 16, p. 1151-1152, 2000.
    Texto Completo

  • ROY, S. ; NOSAKA, Michiko ; de Souza SJ ; GILBERT, W. . Centripetal modules and ancient introns.. Gene (Amsterdam), Estados Unidos, v. 238, p. 85-91, 1999.
    Texto Completo

  • GILBERT, W. ; de Souza SJ . Introns and the RNA World. Cshl Press, p. 221-231, 1999.
    Texto Completo

  • LONG, Manyuan ; de Souza SJ ; ROSENBERG, C. ; GILBERT, W. . Relationship between proto-splice sites and intron phase: Evidence from dicodon analysis.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 95, p. 219-223, 1998.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; LONG, Manyuan ; KLEIN, R. J. ; ROY, S. ; LIN, S. ; GILBERT, W. . Toward a resolution of the introns early / late debate: Only phase zero introns are correlated with the structure of ancient proteins.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 95, p. 5094-5099, 1998.
    Texto Completo

  • LONG, Manyuan ; de Souza SJ . Intron-Exon Strutures: From Molecular to Population Biology. Advance In Genome Biology, USA, v. 5A, p. 143-178, 1998.
    Texto Completo

  • GILBERT, W. ; de Souza SJ ; LONG, Manyuan . Origin of Genes. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 94, p. 7698-7703, 1997.
    Texto Completo

  • MARTINS, Vilma Regina ; GRANER, E. ; ABREU, J. G. ; de Souza SJ ; MERCADANTE, A. F. ; VEIGA, S. S. ; ZANATA, S. M. ; MOURA NETO, V. ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Complementary hydropathy identifies a cellular prion protein receptor.. Nature Med, Estados Unidos, v. 3, n. 12, p. 1376-1382, 1997.
    Texto Completo

  • LONG, Manyuan ; de Souza SJ ; GILBERT, W. . The yeast splice site revisited: A new exon consensus from genome analysis.. Cell, Estados Unidos, v. 91, p. 739-740, 1997.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; LONG, Manyuan ; SCHOENBACH, L. ; ROY, S. W. ; GILBERT, W. . The correlation between introns and the three-dimensional structure of proteins.. Gene (Amsterdam), Estados Unidos, v. 205, p. 141-144, 1997.
    Texto Completo

  • de Souza SJ . The origin and evolution of introns: a debate. . A Biomednet Publication, Estados Unidos, v. 1, 1997.
    Texto Completo

  • LONG, Manyuan ; de Souza SJ ; GILBERT, W. . Delta- Interacting Protein A and the Origin of Hepatitis Delta Antigen. Science, Estados Unidos, v. 276, p. 824-825, 1997.
    Texto Completo

  • SANTOS, M. A. V. ; de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo ; SOUZA, W. . Polymorphonuclear Leukocytes Present Laminin Peptides in Endocytic Compartments.. Biochemical and Biophysical Research Communications, Estados Unidos, v. 221, p. 837-842, 1996.
    Texto Completo

  • LONG, Manyuan ; de Souza SJ ; ROSENBERG, C. ; GILBERT, W. . Exon shuffing and the origin of the mitochondrial targenting function in plant cytochrome c1 precursor.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 93, p. 7727-7731, 1996.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; LONG, Manyuan ; GILBERT, W. . Introns and gene evolution.. Genes To Cells, Estados Unidos, v. 1, p. 493-505, 1996.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; LONG, Manyuan ; SCHOENBACH, L. ; ROY, S. W. ; GILBERT, W. . Intron positions correlate with module bondaries in anciet proteins. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 93, p. 14632-14636, 1996.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; PEREIRA, H. M. ; JACCHIERI, S. ; BERNTANI, R. R. . Colagen/ collagenase interaction: Does the enzyme mimic the conformation of its own substrate?. The FASEB Journal, Estados Unidos, v. 10, p. 927-930, 1996.
    Texto Completo

  • LONG, Manyuan ; de Souza SJ ; GILBERT, W. . Evolution of the intron-exon structure of euKaryotic gene.. Curr Opin Genet Develop, Estados Unidos, v. 5, p. 774-778, 1995.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo. On the struture / function relationship of polymorphonuclear-leukocyte collagenase.. Biochemical Journal (London), Estados Unidos, v. 300, p. 605-607, 1994.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; MADAIO, M. P. ; JULIANO NETO, L. ; BRENTANI, Ricardo Renzo . A monoclonal Autoantibody against a Complementary Peptide Recognizes Interstitial Collagenase.. Immunomethods, Estados Unidos, v. 5, p. 172-176, 1994.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Sequence Homology Between a Bacterial Metalloproteinase and Eukaryotic Matrix Metalloproteinases. Journal of Molecular Evolution, New York, v. 36, p. 596-598, 1993.
    Texto Completo

  • VIEIRA, J. L. ; CHAMMAS, Roger ; VERDE, D. M. S. V. ; SANTOS, M. A. V. ; COELHO, V. M. ; de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo ;SAVINO, W. . Extracellular matrix components of the mouse thymic microenviroment, III Thymic epithelial cells express the VLA6 complex that is involved in laminin-mediated interactions with thymocytes.. International Immunology, Estados Unidos, v. 5, n. 11, p. 1421-1430, 1993.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; M, Pacheco M ; S, Sonohara ; BRENTANI, M. M. ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Regulation of extracellular matrix-degrading proteases.. Ciência e Cultura (SBPC), Brasil, v. 45, n. 5, p. 313-318, 1993.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; SABAGA, J. ; AMICO, e D ; PASQUALINI, R. ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Anti-platelets auto-antibodies from ITP patients recognize an epitope in GP IIb/IIIa deduced by complementary hydropathy. . Immunology (Oxford), v. 7, p. 17-22, 1992.
    Texto Completo

  • de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Collagen-binding site in collagenase can be determined using the concept of sense-antisense peptide interactions.. The Journal of Biological Chemistry, v. 267, n. 19, p. 13763-13767, 1992.
    Texto Completo

  • PASQUALINI, R. ; LEVI, J. E. ; AZUL, M. I. S. ; FARIA, M. ; de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo . IID510g52, a monoclonal antibody against platelet membrane glycoprotein IIIa is a suitable tool for the determination of functional domains within integrin cell surface receptors.. Hybridoma (New York) (Cessou em 2001. Cont. 1554-0014 Hybridoma [Larchmont]), v. 11, n. 6, p. 741-755, 1992.
    Texto Completo